Przede wszystkim najpierw praca magisterska jest sprawdzana przez wyznaczonych pracowników przy pomocy programu antyplagiatowego. Określone są procentowo zazwyczaj tak zwane współczynniki podobieństwa do innych, znajdujących się w systemie prac. Zazwyczaj dopuszcza się fragmenty zgodne z tekstami innych prac do pięćdziesięciu słów. Jeżeli zostanie przekroczona, praca zostaje uznana jako plagiat.
Jeżeli praca magisterska zostanie uznana jako plagiat informowany jest o tym jej autor i promotor. Często takie wykrycie plagiatu może polegać na dość dużej ilości cytatów z innych prac, wtedy promotor może złożyć w tej sprawie specjalne oświadczenie. Dalsze decyzje co do tego, jak postąpić z daną pracą, zazwyczaj zależą od Dziekana. Może one skierować sprawę do ponownej redakcji przez jej autora.
Zazwyczaj praca magisterska jest kierowana do ponownej redakcji, jeżeli podobieństwa wynikają na przykład ze zbyt dużej ilości cytatów. Jeżeli natomiast skala zjawiska jest duża, zazwyczaj rozpoczynana jest wobec studenta, który taka pracę złożył, procedura dyscyplinarna. Ponieważ za plagiat grozi także odpowiedzialność karna, zazwyczaj uczelnia powiadamia także odpowiednie organy.