Każda praca magisterska składa się z rozdziałów i podrozdziałów. Ich układ, oznaczanie i numerowanie w dużej mierze zależą od koncepcji przyjętej przez autora. W każdym przypadku należy jednak zadbać o to, by rozwiązanie, na które się zdecydujemy zapewniały pracy czytelność i przejrzystość.
Przyjęło się, że numery rozdziałów są kolejnymi cyframi arabskimi. Podrozdziały numeruje się z kolei dwoma cyframi oddzielonymi kropką. Pierwsza z nich oznacza numer rozdziału, zaś druga numer podrozdziału. Dopuszczalne jest także wydzielanie mniejszych części pracy i przydzielanie im stosownych numerów. Numeracja powinna być jednak maksymalnie trójstopniowa.
W niektórych pracach magisterskich wydziela się też działy pracy, a więc większe całości składające się z kilku rozdziałów. Do ich oznaczenia najwygodniej jest stosować cyfry rzymskie. Zazwyczaj praca magisterska składa się z niemniej niż trzech i nie więcej niż pięciu rozdziałów, każdy z co najmniej dwoma podrozdziałami.
Należy mieć też na uwadze to, że każda praca magisterska musi stanowić spójną, logiczną całość. Jeśli stosujemy podział na działy, powinien on wynikać z powiązań między informacjami zawartymi w rozdziałach, a nie z naszego własnego widzimisię. To samo dotyczy podziału rozdziałów na podrozdziały.
Układ rozdziałów w pracy również nie powinien być przypadkowy. Przyjęło się, że pierwsze numery otrzymują rozdziały zawierające najbardziej ogólną wiedzę, a kolejne coraz bardziej szczegółową. Rozdziały z końcowymi numerami zwykle zawierają konkretne przykłady lub własne badania studenta.
Dobrze uporządkowana praca magisterska jest znacznie bardziej czytelna i przejrzysta. Warto więc poświęcić nieco uwagi tej kwestii. Oszczędzi to sporo wysiłku nam samym, promotorowi i komisji.